Auengebiete gehören zu den artenreichsten Lebensräumen in Mitteleuropa. Zahlreiche Tierarten sind an die besonderen Verhältnisse dieses Lebenraumes angepasst. Da der Mensch in der Vergangenheit die meisten Flüsse und Bäche begradigt und befestigt hat, gibt es nur noch wenige intakte Auen. Dementsprechend sind vielen Tier- und Plfanzenarten der Auen inzwischen gefährdet und stehen auf der Roten Liste.
Säugetiere
Zu den bekanntesten Säugetierarten der Flussaue zählen Biber und Fischotter. Der Fischotter gilt in Nordrhein-Westfalen als ausgestorben. Die Art kommt jedoch in angrenzenden Bereichen (Niedersachsen, Niederlande) und in Ostdeutschland vor und breitet sich zur Zeit von dort aus aus. Vereinzelt wurden auch schon Fischotter in NRW beobachtet.
Der Biber dagegen hat es schon zurück nach Nordrhein-Westfalen geschafft. In Nordrhein-Westfalen ist der Baumeister inzwischen wieder mit ca. 600 Tieren aktiv. Auch im Kreis Soest finden sich an der Lippe erste Ansiedlungen des Bibers. Biber gestalten die Landschaft aktiv, in dem sie Bäume fällen und Dämme bauen. Dies tun sie vor allem dann, wenn der Wasserstand für die Anlage eines Bau nicht ausreicht oder dieser zu stark schwankt. Biber sind reine Pflanzenfresser. Im Winter ernähren sie sich von Rinde. Um an diese zu gelangen, müssen sie die Bäume fällen.
Vögel
Zahlreiche Vogelarten finden ihren Lebensraum in der Flussaue. Zwei typischen Arten der Fließgewässer sind Eisvogel und Uferschwalbe. Beide Vogelarten legen in lehmigen Steilufern ihre Brutröhren an. Sie sind daher darauf angewiesen, dass in einer naturnahen Aue durch die Dynamik des Wassers immer wieder Ufer abbrechen und so neue Steilufer entstehen. Während der Eisvogel seine Nahrung durch Tauchen erbeutet, ernährt sich die Uferschwalbe von Fluginsekten, die sie meist direkt über dem Wasser erbeutet. An sehr flachen vegetationsarmen Schlamm-, Kies- oder Sandufern der Fließ- oder Stillgewässer findet der Flussregenpfeifer seinen Brutplatz.
An den vielgestaltigen Stillgewässern in der Aue brüten Enten und Gänse. Naturnahe Auenlandschaften sind besonders für seltene und störungsempfindliche Entenarten, wie Knäk-, Löffel-, Krick- und Schnatterente sehr wichtige Bruthabitate. Auch der Zwergtaucher brütet regelmäßig in den Stillgewässern der Aue.
In den ausgeprägten Schilfröhrichten und Sümpfen finden Röhrichtbewohner wie Wasserralle und Teichrohrsänger ein Zuhause. Auch die Rohrammer ist hier und entlang von feuchten Säumen regelmäßig zu finden. Ein besonders typischer Bewohner größerer Schilfflächen in den Flussauen ist die Rohrweihe. Charakteristisch für die Rohrweihe ist der gaukelnde Flug mit V-förmig aufgestellten Flügeln. Das Nest wird auf dem Boden angelegt.
Die Vielfalt unter den Vogelarten, die die Flussauen besiedeln, ist enorm. Neben der Rohrweihe finden hier weitere Greifvogelarten, wie Schwarzmilan, Mäusebussard, Turmfalke und Baumfalke reichlich Nahrung. Der Pirol lässt seinen wohltönenden Gesang aus den Auwäldern der Aue erschallen. Der Weißstorch ist in den letzten Jahren in unsere Auen zurückgekehrt und bereichtert in hohem Maße das Naturerlebnis für interessierte Besucher. Außer den Brutvögeln sind im Frühjahr und Herbst zahlreiche Rastvögel in der Flussaue zu beobachten. Nordische Gäste überwintern hier und Durchzügler stärken sich für die Weiterreise in das Brutgebiet oder in das Winterquartier.
Amphibien
Die zahlreichen Stillgewässer und Blänken in der Flussaue bieten vielen heimischen Amphibienarten einen optimalen Lebensraum. Unter den Froschlurchen zählen Erdkröte, Wasserfrosch und Grasfrosch zu den häufigsten Arten. Der lautstarke Laubfrosch, der neben Sträuchern sogar Baumkronen als Sitzwarten nutzt, hat in den letzten Jahren in der Lippeaue westlich von Lippstadt erfreulicherweise zugenommen. Wer in lauen Frühjahrsnächten (je nach Temperatur ab Mitte April oder auch erst Mitte Mai) abends in der Dunkelheit am Rande der Lippeaue zu Fuß oder mit dem Fahrrad unterwegs ist, kann das laute charakteristische "räpp....räpp.....räpp..." der Laubfrösche, das oftmals im Chor vorgetragen wird, gar nicht überhören.
In den Stillgewässern tummeln sich verschiedene Molcharten. Bergmolch, Teichmolch und Kammmolch kommen hier vor. Dabei gehört der Kammmolch zu den gefährdeten Arten des Landes Nordrhein-Westfalen. Er bevorzugt nicht zu kleine, häufig vegetationsreiche Gewässer des Offenlandes.
Wirbellose
Zahlreiche wirbellose Tierarten besiedeln die Flüsse und ihre Auen. In naturnahen Fließgewässern findet man eine reichhaltige Makrozoobenthos-Lebensgemeinschaft. Unter diesem Begriff fasst man die im und am Gewässerboden lebenden Organismen zusammen, die noch mit dem Auge erkennbar sind. Neben Krebsen, Weichtieren und Würmern zählen auch zahlreiche Insektenartenlarven dazu. Als Larve verbringen sich bis zu 5 Jahre ihres Lebens im Wasser, das fertige Insekt nutzt die Aue zur Nahrungssuche und zur Fortpflanzung. Das Makrozoobenthos bildet eine wichtige Nahrungsgrundlage für Fische, Amphibien und Vögel.
Besonders bekannt und gut zu beobachten sind die Libellen. Diese bevorzugen je nach Art die Fließ- oder die Stillgewässer.
Die Vielfalt der Insektenarten in der Flussaue ist riesig. Viele Arten sind an die Bedingungen der Flussaue angepasst und kommen gut mit den Überflutungen zurecht. Heuschrecken lassen im Sommer ihr Gezirpe hören und Schmetterlinge erfreuen das Auge der Besucher.